En vue de mettre fin au conflit armé, le président Juan Manuel Santos a entrepris des négociations de paix avec les FARC-EP en 2012 et l’ELN en 2014, les deux groupes de guérilla les plus importants du fait de leur taille et de leur capacité d’action militaire. Le 18 octobre 2012 Ivan Marquez, négociateur en chef des FARC-EP faisait un discours plein d'espoir sur les transformations sociales nécessaires pour la Paix >
Les pourparlers avec les FARC se sont conclus en août 2016 par la signature d’un accord « final, intégral et définitif » pour mettre fin au conflit (J. M. Santos et FARC 2016). Le terme de « dissidences » est alors apparu pour nommer les troupes restées en armes qui refusent la réincorporation à la vie civile, soit par désaccord sur l’accord de paix, soit par manque de confiance en ses conditions d’application. Plus de 400 ex-combattants des FARC ont été tués entre 2016 et 2022. Le statut des groupes dits de dissidence est complexe, certains se sont joints aux organisations liés au narco-trafic, d’autres sont instrumentalisé pour servir la stratégie paramilitaire, tandis que d’autres conisdere representer les FARC d’origine; la réalité territoriale actuelle implique des zones dans lesquels 5 ou 6 groupes armées avec des jeux d’alliance changeant qui opèrent.Alors que les FARC signataires de l’accord de paix ont constitué un parti politique en 2016, nommé Forces Alternatives du Communs devenu ensuite Comuns. Cependant une partie des forces ont repris les armes en 2019, avec à leur tête Ivan Marquez, ex-négociateur en chef de l’accord de paix. Marquez et d’autres figures, comme Jesus Santrich, un des sénateurs du nouveau Parti, ont alors annoncé que l’accord signé en 2016 n’était pas respecté et qu’ils formaient la guérilla de la Segunda Marquetalia (Deuxième Marquetalia) faisant référence au village de naissance des FARC en 1964. Le 29 août 2019, Santrich et Marquez annonçaient leur retour à la lutte armée Jesus Santrich a été victime d’un montage judiciaire, détenue alors qu’il était sénateur en avril 2018, il sera libéré, recapturé en ensuite relibéré sur ordre de la cour suprême en mai 2019, avec des décisions juridiques contradictoires entre le système de justice transitionnelle JEP et la justice ordinaire.
Les dialogues avec l’ELN ont été initiés en 2014. En 2016, le gouvernement et la guérilla guévariste ont annoncé avoir convenu de l’ordre du jour des négociations, en 6 points : Participation de la société civile; Démocratie pour la paix (participation); Transformations pour la paix; Victimes (conséquences du conflit); Fin du conflit (désarmement) et Mise en œuvre. Les négociations ont commencées en 2017, mais un an plus tard, lors de l'arrivée au gouvernement de Ivan Duque, candidat de l'uribisme les négociations ont été suspendu de faits, et rompu unilatéralement en janvier 2019, après une action militaire de l'ELN contre l'école de police du Général Santander. Le gouvernement a refusé de respecter les protocoles internationaux relatifs au retour en Colombie de la délégation de l'ELN qui se trouvent depuis (2022) dans un limbo juridique. L’élection en juin 2022 du premier gouvernement progressiste de l’histoire de la Colombie devrait permettre le respect des protocoles et la reprise des négociations.
L’accord avec les FARC a été rejeté par référendum (le 2 octobre 2016), et a été soumis à un processus législatifs qui l'a dénaturé. Les FARC sont devenu la FARC, un parti politique qui essaie d'obtenir via la mobilisation sociale la mise en œuvre de ce qu'il reste de l'accord initial.
Un système de justice transitionnelle, “Justicia especial para la Paz” a été mise en œuvre, mais se heurte au refus de la Fiscalia de collaborer, et la Commission de la Vérité ne compte que sur la bonnes volonté des commissionnaires pour remplir sa mission malgré le manque de soutien du gouvernement. En juillet 2022 le rapport final de la Comission a été publié : https://www.comisiondelaverdad.co/hay-futuro-si-hay-verdad
Le gouvernement Santos a affirmé à plusieurs reprises qu’il souhaitait la paix pour la Colombie. Il a dit aussi que les négociations avec la guérilla ne toucheraient pas ce qui concerne le modèle économique et politique. Ce sont là des sujets intouchables. Dans une large mesure, ces lignes semblent avoir guidé les négociations avec les FARC. Le résultat est que l’accord additionne les points de vue, très distants, des deux parties. Par exemple :
…[P]our le gouvernement, les transformations issues de cet accord doivent faire reculer les effets du conflit et changer les conditions qui ont facilité la persistance de la violence dans le territoire. Pour les FARC-EP ces transformations doivent contribuer à résoudre les causes historiques du conflit comme la question non résolue de la propriété de la terre et particulièrement sa concentration, l’exclusion de la paysannerie et le retard des communautés rurales, ce qui affecte négativement spécialement les femmes, filles et enfants (J. M. Santos et FARC 2016, 2).
Les différences ont persisté en ce qui a trait à la terre, qui constitue, comme nous l’avons vu, l’une des principales revendications du mouvement social agraire. Au bout du compte, l’accord ne touche pas à la grande propriété. À la place, il crée un Fonds de terres pour la paix (3 millions d’hectares) formé de terres publiques, de terres achetées par l’État, ou de terres saisies par l’État parce qu’inexploitées ou acquises illicitement. Il vise aussi à clarifier et à formaliser la propriété par l’actualisation de l’information cadastrale. Les deux parties ont convenu de mettre en place des politiques publiques sur une période de 10 ans afin de mener à bien l’entente sur cette question.
Si d’une part les négociations avec les FARC ont mené à des accords juxtaposant des points de vue très différents, celles avec l’ELN, d’autre part, sont dans une impasse. Le gouvernement d’Ivan DUQUE ( 2018-2022) avait annoncé qu’il ne comptait pas respecter les accords de paix pourtant signés au nom de l’État et il a tenu parole.